许多人认为，呼吸中的刺鼻气味是由牙齿疾病或早上忘记刷牙引起的。但现代科学证明，许多全身性疾病，如肝、肺、肾、胃等疾病，也会引起口臭。如果频繁发生，必须找出原因。
腐烂的气味——肺癌
肺部感染、支气管炎、肺脓肿、慢性支气管炎、肺炎、肺气肿甚至肺癌等都会引起不同程度的口臭。这种气味通常是由肺部积聚的粘液引起的。其中，肺脓肿患者常伴有酸性、碱性口臭。此类患者常有发热、脓痰等，肺部CT检查通常可诊断；肺结核、支气管扩张咯血患者常有鱼腥味口臭。晚期肺癌患者常有恶臭口臭。口腔和呼吸中经常出现腐臭味。
值得一提的是，吸烟者通常有口臭，而且很容易识别。即使你不吸烟，别人也可以根据口臭判断出你是吸烟者。这类口臭是由于肺部解剖死腔内残留的浓烟，随着吸烟者的呼吸运动逐渐呼出，产生带有“烟味”的口臭。当吸烟者患有肺部疾病时，由于死腔体积进一步扩大，甚至引起病理性死腔，气味可能会更加明显。
腐败问题气味——上呼吸道疾病
鼻窦炎、扁桃体炎、扁桃体炎等上呼吸系统疾病代谢大量含蛋白质的粘液，一部分产生流鼻涕，其余的从鼻腔注入口腔和咽喉。部分粘液粘附在舌后部或口腔和喉咙上。当蛋白质分解时，会产生腐臭味。
酸臭味——胃病
当胃幽门狭窄或阻塞时，食物在胃内停留时间过长，就会产生酸味、腐臭味，并从口腔排出。反流性食管炎等胃部疾病也会引起生理性口臭。口腔和咽喉上附着的排泄物不断释放出“酸性气体”。一般来说，积极治疗胃病后，口臭可以得到明显改善。
烂苹果味——糖尿病丙酮酸中毒
当人的血糖水平超标且不加以控制时，体内的脂肪燃烧会产生酮体，其中的-酮戊二酸会散发出酸臭的苹果味。当呼出这种气味时，患者体内的酮体浓度已经很高，接近或达到糖尿病酮症酸中毒的水平，需要立即就医，否则生命将受到威胁。
尿液气味——尿毒症
尿液有异味通常是由患有慢性肾炎或肾脏疾病的患者引起的。当疾病进展到慢性肾功能衰竭（又称尿毒症）阶段时，由于无法排尿，一些有毒物质无法排出体外，储存在血液中，导致患者呼出的气体被释放出来。尿液的气味是病情恶化的信号。
大便气味——肝功能衰竭
当肝功能衰竭时，肝脏的代谢能力减弱，溶解内毒素的能力下降，导致血氨升高，口腔中出现微甜的粪便臭味，又称“死亡先兆”。身体代谢某些支链氨基酸的能力减弱，也会引起烂苹果味。
另外，有些口臭是由心理疾病引起的，比如焦虑、失眠或者一些植物神经系统失衡引起的精神疾病。